Der Pfarrer verpflichtete sich, jeden dritten Sonntag oder Feiertag Gottesdienst in Pertolzhofen zu halten. Der Pfarrer mußte die Gottesdienste so legen, daß er and den Frauenfesten und den drei Kirchweihen selbst anwesend war. Die Pertolzhofer erhielten allerdings ihre alten kirchlichen Rechte nicht mehr.
1714 wurde der neue Hochaltar in der Kirche aufgestellt. Der alte Flügelaltar ist spurlos verschwunden. Nur die Marienfigur wurde neu aufgestellt. Sie hatte man inzwischen barockisieren lassen. Unverändert blieb hierbei der Kopf der Madonna. Über den Körper wurde ein prächtig geschnitztes Barockkleid gelegt. Das Haupt der schönen Maria ziert nun die Kurfürstenkrone.
1714 starb Friedrich Ludwig von und zu Pertolzhofen, der letzte seines Names. Er wurde in seiner neuen Kirche beigesetzt. Der Grabstein hängt links vom Kircheneingang.