Im September 1939 wird die Generalmobilmachung angeordnet. Sofort rücken fast alle jungen Männer ein, aber auch Soldaten aus dem 1. Weltkrieg bis 55 Jahre, die anfangs als Heimatschutz und Gefangenenwächter eingesetzt wurden. Ab dem ersten Tag spürt auch unsere Heimat den Krieg: das Dorf muß verdunkeln, strenge Kontrollen werden durchgeführt. Das Abhören ausländischer Sender wird mit strengen Strafen bedroht, die freie Meinungsäußerung noch mehr unterdrückt. Lebensmittelkarten für fas alle Lebensmittel werden eingeführt, Bezugsscheine für Gebrauchsgegenstände ausgegeben. Trotzdem lebt das Dorf fas wie im Frieden - ja der Wohlstand steigt sogar noch etwas! Es werden neue Siedlungshäuser gebaut. Die staatlich gelenkte Propaganda läßt einen baldigen Sieg erwarten. Pertolzhofen hat bis zum Beginn des Rußlandfeldzuges keinen Gefallenen zu beklagen. Die Verschlechterung setzt erst im Winter 1941/42 ein. Immer mehr Kriegsgefangene und Fremdarbeiter aus dem Osten kommen, viele evakuierte Kinder aus den Großstädten sind hier, immer weniger Männer sind noch zu Hause. Die Spatarbeiter haben jedoch kaum mit einer Einberufung zu rechnen. Der Druck durch die Partei wird immer stärker. Die Städter kommen als Hamsterer auf das Dorf - die Schwarzschlachtungen nehmen trotz strengster Strafen ein gewaltiges Ausmaß an. Täglich fliegen hunderte feindliche Bomber in silbernen Kolonnen übers Dorf. Man weiß, der Krieg ist verloren. Im Jahr 1944 greifen Tiefflieger mehrmals den Zug bei Pertolzhofen an. Es gab Verletzte. Am Stoffelhölzl rettete der Lokführer den Zug einmal dadurch, daß er während des Beschusses den Dampf ausließ, so daß die Flieger in der Überzeugung abflogen, getroffen zu haben. Die Bauern flüchteten vom Feld, wenn Tiefflieger nahten, auch einzelne Personen wurden beschossen. Im Frühjahr 1945 wurde ein Lazarett nach Pertolzhofen verlegt: Die beiden Schulsäle und die Gastwirtschaft Bayerischer Hof wurden belegt. Der Schulunterricht wurde in der Gastwirtschaft Winderl notdürftig weitergeführt. Man sehnte sich nach Frieden. Die Verluste an der Front haben die des 1. Weltkrieges weit überschritten. 15 Soldaten des Dorfes sind gefallen; der ganze Schulsprengel beklagt 42 Gefallene, 18 Vermißte sind 1957 noch nicht heimgekehrt und werden auch nicht mehr heimkehren.